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| 序號 | 劃定機關 | 保護區名稱 | 流域別 | 劃定面積(公頃) | 公告日期 | 公告文號 | 空間查詢 |
| 1 | 環境部 | 白河水庫 | 急水溪 | 2,683.07 | 880901 | (88)環署中字第0006564號 |
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| 2 | 環境部 | 曾文水庫 | 曾文溪 | 38,907.30 | 881124 | (88)環署中字第0014019號 |
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| 3 | 環境部 | 高屏溪 | 高屏溪 | 175,450.00 | 890401 | (89)環署中字第0007318號 |
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| 4 | 環境部 | 石門水庫 | 大漢溪(淡水河系) | 55,923.80 | 890429 | (89)環署中字第0008601號 |
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| 5 | 臺北市 | 鹿角坑 | 清水溪(磺溪) | 273.30 | 871203 | 府環二字第8708049201號 |
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| 6 | 臺灣省 | 蘭潭仁義潭 | 八掌溪 | 657.97 | 870723 | 八七府環五字第153378號 |
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| 7 | 臺灣省 | 南化水庫 | 曾文溪 | 10,904.76 | 870730 | 八七府環五字第153393號 |
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| 8 | 基隆市 | 新山水庫 | 淡水河(基隆河) | 139.86 | 880730 | (88)基府環字第072835號 |
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| 9 | 基隆市 | 西勢水庫 | 淡水河(基隆河) | 675.90 | 880730 | (88)基府環字第072835號 |
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| 10 | 新北市 | 老梅溪 | 老梅溪 | 994.91 | 1000222 | 北府環水字第1000021675號 |
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| 11 | 新北市 | 瑪鋉溪 | 瑪鋉溪 | 1,756.50 | 1000222 | 北府環水字第1000021760號 |
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| 12 | 新北市 | 百拉卡 | 山澗水(公司田溪) | 132.09 | 1000222 | 北府環水字第1000021666號 |
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| 13 | 新北市 | 叭嗹溪 | 叭嗹溪 | 43.72 | 1000222 | 北府環水字第1000021543號 |
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| 14 | 新北市 | 雙溪貢寮 | 雙溪 | 1,947.30 | 1000223 | 北府環水字第1000021658號 |
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| 15 | 新竹縣 | 寶山水庫 | 頭前溪 | 57.80 | 870819 | 八七府環二字第89700號 |
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| 16 | 苗栗縣 | 永和山水庫 | 中港溪 | 471.96 | 991202 | 99府環水字第0997803130號 |
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| 17 | 苗栗縣 | 田美水庫 | 中港溪 | 14,586.58 | 991202 | 99府環水字第0997803130號 |
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| 18 | 苗栗縣 | 明德水庫 | 後龍溪 | 6,092.52 | 991202 | 99府環水字第0997803130號 |
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| 19 | 苗栗縣 | 鯉魚潭水庫 | 大安溪 | 5,931.09 | 991202 | 99府環水字第0997803130號 |
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| 20 | 臺中市 | 稍來溪 | 大甲溪 | 1,837.91 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 21 | 臺中市 | 七家灣溪 | 大甲溪 | 7,415.47 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 22 | 臺中市 | 四季郎溪 | 大甲溪 | 4,112.69 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 23 | 臺中市 | 志樂溪 | 大甲溪 | 8,723.58 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 24 | 臺中市 | 匹亞桑溪 | 大甲溪 | 3,637.98 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 25 | 臺中市 | 小雪溪 | 大甲溪 | 2,210.15 | 1010621 | 中市環衛字第1010053098號 |
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| 26 | 南投縣 | 霧社第一 | 烏溪 | 12.17 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 27 | 南投縣 | 霧社第二 | 烏溪 | 28.39 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 28 | 南投縣 | 霧社第三 | 烏溪 | 21.78 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 29 | 南投縣 | 信義 | 濁水溪 | 364.60 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 30 | 南投縣 | 羅娜 | 濁水溪 | 1,435.32 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 31 | 南投縣 | 公林 | 烏溪 | 132.61 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 32 | 南投縣 | 東光 | 烏溪 | 824.06 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 33 | 南投縣 | 合歡溪木蘭橋 | 大甲溪 | 4,141.38 | 871009 | 八七投府環二字第144056號 |
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| 34 | 嘉義縣 | 梅山大半天寮 | 北港溪 | 122.42 | 871006 | 八七府環字第119376號 |
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| 35 | 嘉義縣 | 水波林 | 北港溪 | 255.28 | 871113 | 八七府環字第137091號 |
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| 36 | 嘉義縣 | 八掌溪 | 八掌溪 | 9,038.91 | 880706 | 八八府環字第081062號 |
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| 37 | 臺南市 | 烏山頭水庫 | 曾文溪 | 5,840.04 | 1001012 | 府環水字第1000780065號 |
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| 38 | 臺南市 | 鏡面水庫 | 曾文溪 | 262.24 | 1001012 | 府環水字第1000780066號 |
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| 39 | 高雄市 | 澄清湖 | 水庫(高屏溪流域) | 358.00 | 1000804 | 高市府四維環土字第1000074600號 |
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| 40 | 屏東縣 | 牡丹水庫 | 四重溪 | 4,243.35 | 901105 | (90)屏府環水字第180210號 |
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| 41 | 宜蘭縣 | 松羅 | 蘭陽溪 | 1,397.65 | 870713 | 八七府環二字第09826號 |
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| 42 | 宜蘭縣 | 英士 | 蘭陽溪 | 16.64 | 870623 | 八七府環二字第008838號 |
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| 43 | 宜蘭縣 | 四季 | 蘭陽溪 | 49.09 | 870713 | 八七府環二字第09826號 |
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| 44 | 宜蘭縣 | 南山 | 蘭陽溪 | 270.53 | 870713 | 八七府環二字第09826號 |
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| 45 | 花蓮縣 | 砂婆礑 | 美崙溪 | 1,715.01 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 46 | 花蓮縣 | 西林 | 花蓮溪 | 131.71 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 47 | 花蓮縣 | 鳳林 | 花蓮溪 | 528.59 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 48 | 花蓮縣 | 北林 | 花蓮溪 | 575.04 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 49 | 花蓮縣 | 富源 | 秀姑巒溪 | 392.32 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 50 | 花蓮縣 | 新社 | 大不岸溪 | 76.99 | 880922 | 八八府環二字第77881號 |
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| 51 | 臺東縣 | 初鹿 | 太平溪 | 70.75 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 52 | 臺東縣 | 班鳩 | 太平溪 | 237.82 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 53 | 臺東縣 | 建和 | 知本溪 | 102.13 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 54 | 臺東縣 | 泰安 | 太平溪 | 1,161.42 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 55 | 臺東縣 | 知本 | 知本溪 | 192.89 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 56 | 臺東縣 | 利嘉 | 太平溪 | 156.32 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 57 | 臺東縣 | 鹿野第一、第二 | 卑南溪 | 291.99 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 58 | 臺東縣 | 關山 | 卑南溪 | 290.12 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 59 | 臺東縣 | 利稻 | 卑南溪 | 10.07 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 60 | 臺東縣 | 海端 | 卑南溪 | 170.71 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 61 | 臺東縣 | 都蘭 | | 308.15 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 62 | 臺東縣 | 成功 | | 2,567.70 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 63 | 臺東縣 | 長濱 | | 238.33 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 64 | 臺東縣 | 壢坵 | 金崙溪 | 524.93 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 65 | 臺東縣 | 金崙 | 金崙溪 | 586.69 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 66 | 臺東縣 | 台板 | 大竹溪 | 178.05 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 67 | 臺東縣 | 土板 | 大竹溪 | 347.88 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 68 | 臺東縣 | 新化 | 大武溪 | 7.89 | 871130 | 八七府環二字第9348號 |
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| 69 | 臺東縣 | 綠島流麻溝 | 流麻溝溪 | 147.60 | 890208 | 八九府環二字第973號 |
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| 70 | 澎湖縣 | 成功水庫 | | 418.72 | 870831 | 八七彭府環二字第53531號 |
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| 71 | 澎湖縣 | 東衛水庫 | | 149.95 | 870831 | 八七彭府環二字第53531號 |
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| 72 | 澎湖縣 | 興仁水庫 | | 267.25 | 870831 | 八七彭府環二字第53531號 |
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| 73 | 澎湖縣 | 小池水庫 | | 6.94 | 900504 | (九十)澎府環管字第19159號 |
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| 74 | 澎湖縣 | 西安水庫 | | 10.84 | 900504 | (九十)澎府環管字第19159號 |
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| 75 | 澎湖縣 | 七美水庫 | | 8.25 | 900504 | (九十)澎府環管字第19159號 |
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| 76 | 金門縣 | 太湖 | | 39.03 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 77 | 金門縣 | 榮湖 | | 13.50 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 78 | 金門縣 | 田浦水庫 | | 17.80 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 79 | 金門縣 | 擎天水庫 | | 8.70 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 80 | 金門縣 | 西湖 | | 2.80 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 81 | 金門縣 | 菱湖 | | 2.76 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 82 | 金門縣 | 蓮湖 | | 0.65 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 83 | 金門縣 | 陽明水庫 | | 4.12 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 84 | 金門縣 | 瓊林水庫 | | 10.40 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 85 | 金門縣 | 金沙水庫 | | 25.50 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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| 86 | 金門縣 | 山西水庫 | | 12.53 | 890504 | 八九府環字第8919470號 |
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